Stasiun Nagayama berada di Jalur Utama Sōya yang memiliki panjang total 2.594km (1.612mi) dari Asahikawa sampai Wakkanai, dan terletak 9,3 km dari titik awal dari stasiun Asahikawa.
Tata Letak
Stasiun tanpa staff dengan 2 sisi peron dengan 2 jalur kereta.