Stasiun Matsumoto melewati Jalur Shinonoi dan berjarak 13,3 kilometer dari ujung jalur di Stasiun Shiojiri. Ini juga merupakan stasiun terminal untuk Jalur Ōito. Kereta Jalur Utama Chūō menggunakan jalur Shinonoi untuk melewati Matsumoto. Matsumoto juga merupakan terminal untuk Jalur Kamikōchi sepanjang 14,4 kilometer yang dioperasikan oleh Alpico Kōtsū.[1]