Saat ini tidak ada kereta api yang berhenti di stasiun ini, kecuali jika terjadi persilangan dan penyusulan antarkereta api.
Bangunan dan tata letak
Stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus.[4] Berdasarkan peta yang diterbitkan oleh Belanda pada 1926, stasiun ini dahulu memiliki sepur simpang menuju pabrik penggilingan padi milik N.V. Redjoagoeng yang terletak tepat di utara stasiun. Percabangan jalur tersebut dimulai dari barat emplasemen Stasiun Mangli.[5]
Ke arah timur stasiun ini sebelum Stasiun Jember, terdapat Stasiun Kaliwates yang telah dinonaktifkan karena letaknya yang kurang strategis dan jarak antarstasiun yang berdekatan dengan Stasiun Jember—bangunan stasiun tersebut kini sudah tidak ada bekasnya lagi.
Insiden
Pada tanggal 26 Oktober 2012, mobil Suzuki Carry yang menyeberangi perlintasan sebidang 200 meter di sebelah timur Stasiun Mangli dihajar kereta api Sri Tanjung tujuan Banyuwangi–Lempuyangan. Akibatnya, bodi mobil remuk dan kereta diberhentikan luar biasa di Stasiun Mangli. Sopir Suzuki Carry terluka parah dan menderita patah tulang rusuk.[6][7]
