Stasiun Makubetsu dibuka pada tanggal 11 Oktober 1905 dengan nama Stasiun Yamuwakka (止若駅code: ja is deprecated , Yamuwakka-eki). Dengan privatisasi Kereta Api Nasional Jepang (JNR) pada 1 April 1987, stasiun ini berada di bawah kendali JR Hokkaido.[1]