Awalnya Stasiun Kebasen beroperasi menggunakan bangunan lama dan memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Setelah pembangunan jalur ganda pada segmen lintas antara stasiun ini dan Stasiun Kroya, operasional stasiun ini dipindahkan ke bangunan baru yang berjarak 200 m di sebelah tenggara bangunan lama dan ditambahkan satu jalur baru di sisi timur laut stasiun. Tata letak stasiun ini juga diubah, sehingga setelah letaknya digeser, jumlah jalurnya kini bertambah menjadi empat dengan jalur 3 dijadikan sepur lurus hanya untuk arah Purwokerto, sedangkan jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Kroya saja. Selain itu, persinyalan elektrik lama produksi Westinghouse Rail Systems yang telah beroperasi sejak 1999 sudah digantikan dengan yang terbaru produksi PT Len Industri. Bangunan lama tersebut dialihfungsikan menjadi Kantor Resor Jalan Rel 5.5 Kebasen.
Dengan dimulainya uji coba jalur ganda pada 28 Januari 2019[5][6] serta pemindahan trase jalur ke Terowongan Kebasen baru dan Jembatan Serayu Kebasen baru per 15 Februari 2019,[7] maka secara otomatis rute jalur dan terowongan lama yang terletak berdampingan dengan Bendung Gerak Serayu ditutup serta dijadikan cagar budaya.[8] Berikutnya, per 5 Maret 2019, jalur ganda lintas Purwokerto-Kroya sudah tersambung dan resmi dioperasikan sehingga di stasiun ini sudah tidak ada lagi persilangan antarkereta api; hanya penyusulan antarkereta api saja yang dilayani.
Setelah bertahun-tahun tidak melayani penumpang, stasiun ini akhirnya kembali melayani penumpang per 18 Desember 2024 sehubungan dengan upaya peningkatan konektivitas bagi masyarakat Banyumas selatan.[9]
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025.[10]
Pada tanggal 21 Januari 1981, kereta api Senja IV yang diberangkatkan dari Notog dan kereta api Tatarmaja (Maja) dari arah Kroya bertabrakan di daerah Gunung Payung, dekat jembatan Sungai Serayu. Pasca tabrakan kedua lokomotif CC 201 33 dan 35 dirucat pada tahun 1986, karena kerusakannya yang agak tidak memungkinkan untuk dihidupkan lagi.[11]
Galeri
Stasiun Kebasen diambil dari sisi utara
Jalur Utara Stasiun Kebasen yang menuju pintu Bendung Gerak Serayu dan Terowongan Kebasen
Jembatan Serayu yang terletak di utara Terowongan Kebasen
↑Susanti, D.M. (Januari 2008). Kajian atas Pengelolaan Pengetahuan dalam Pengoperasian Teknologi Persinyalan Kereta Api (Studi Kasus Daop 2 Bandung) (S2). Program Magister Studi Pembangunan, Sekolah Arsitektur, Pengembangan, dan Perencanaan Kebijakan, Institut Teknologi Bandung.
↑Sugiana, A.; Lee, Key-Seo; Lee, Kang-Soo; Hwang, Kyeong-Hwan; Kwak, Won-Kyu (2015). "Study on Interlocking System in Indonesia"(PDF). Nyeondo Hangugcheoldohaghoe Chungyehagsuldaehoe Nonmunjib (Korean Society for Railway) (46).