Setelah 2 tahun, PT Kereta Api mengoperasikan KRDManggarai-Nambo pp. Sayangnya karena kereta yang sudah kuno dan okupansi yang rendah, maka jalur ini sempat ditutup pada 2006.[4] Sejak 1 April 2015, jalur cabang ke Nambo mulai melayani Commuter Line Bogor.
Stasiun ini pada saat jam pagi sangat ramai penumpang yang hendak perpergian ke Jakarta maupun Bogor, sedangkan jam sore ramai penumpang yang turun dari KRL Bogor yang membuat Stasiun Citayam menjadi salah satu stasiun terpadat di Jabodetabek. Serta menjadi stasiun yang membutuhkan bagi WargaKecamatanTajurhalang dan Cipayung.
Insiden
Pada hari Jumat tanggal 6 September 2024 seorang perempuan mengendarai motor dan menerobos JPL i25 Stasiun Citayam, dan pengendara motor tersebut tertabrak KRL Jurusan Stasiun Jakarta Kota dan dilarikan ke Rumah Sakit terdekat, Tetapi nyawa pengendara tersebut tak terselamatkan[6]
Stasiun Citayam saat malam hari terlihat Krl TM 6000 baru saja diberangkatkan, 2025
Tata letak
Stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api. Jalur 1 merupakan sepur lurus arah Manggarai, sedangkan jalur 2 merupakan sepur lurus arah Bogor. Percabangan ke arah Nambo dimulai dari sisi selatan jalur 1. Dahulu peron tengah juga sempat dipakai untuk penyeberangan lintas peron. Namun, sejak dioperasikannya underpass untuk penumpang menyeberangi emplasemen, peron tersebut sudah tidak lagi digunakan.
