Kota pelabuhan utama di selat ini adalah Bau-Bau di pulau Buton.
Selat Buton juga merupakan wilayah penting bagi aktivitas perikanan dan transportasi laut masyarakat di Kepulauan Buton dan Muna. Kawasan pesisir di sekitar selat ini dihuni oleh komunitas nelayan skala kecil yang menggantungkan mata pencaharian pada sumber daya laut. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa masyarakat pesisir di Selat Buton menghadapi kerentanan sosial-ekologi akibat perubahan iklim dan perubahan kondisi lingkungan pesisir.[1][2]
