Khan lahir di Mumbai, Maharashtra, putra dari pasangan pemeran Kamran Khan dan istrinya Menaka Khan née Irani. Ia memiliki satu saudari, Farah Khan, yang menjadi koreografer, sutradara, produser dan pemeran. Farah menikahi Shirish Kunder, juga seorang produser, penyunting dan sutradara film. Khan memiliki kerabat lain dari industri film: pemeran Honey Irani dan Daisy Irani adalah saudari ibunya dan pembuat film Farhan Akhtar dan Zoya Akhtar adalah sepupu pihak ibunya.[2]
