Red Bull MotoGP Rookies Cup 2016 adalah musim kesepuluh dari Red Bull MotoGP Rookies Cup. Setelah acara seleksi yang diadakan pada tanggal 16 hingga 18 Oktober 2015 di Circuito Guadix di Spanyol dan uji coba pramusim, yang diadakan pada tanggal 1 hingga 4 April 2016 di Jerez, Musim balap dimulai di lintasan yang sama pada tanggal 23 April dan berakhir pada tanggal 25 September di Ciudad del Motor de Aragón setelah 13 balapan. Balapan, yang untuk tahun keempat berturut-turut diperebutkan oleh para pembalap dengan motor KTM 250cc 4-tak Moto3 yang setara, diadakan di tujuh pertemuan pada kalender Grand Prix Sepeda Motor. Kejuaraan dimenangkan oleh pembalap Jepang Ayumu Sasaki pada balapan terakhir.
