Memasuki musim ketiganya, Red Bull MotoGP Rookies Cup 2009 melanjutkan pencarian calon Juara Dunia di masa depan. Musim 2009 dimulai dengan dua balapan selama akhir pekan Grand Prix Spanyol di Jerez pada tanggal 2 Mei dan Dimulai pada 3 Mei dan diakhiri dengan dua balapan berturut-turut di Grand Prix Republik Ceko di Brno pada tanggal 15 dan 16 Agustus. Enam balapan Grand Prix Sepeda MotorEropa lainnya menampilkan balapan tunggal untuk pembalap pendatang baru setiap hari Sabtu, sehingga kejuaraan ini menjadi delapan balapan, dua balapan lebih banyak daripada musim lalu.