Pertempuran Kotabaru (bahasa Inggris:Battle of Kotabarucode: en is deprecated ) adalah bentrokan antara nasionalis Indonesia dengan garnisun Jepang di Yogyakarta pada tanggal 7 Oktober 1945. Pihak Indonesia melancarkan serangan terhadap garnisun Jepang dengan maksud memperoleh senjata untuk digunakan dalam perang kemerdekaan.