Pertempuran ini berlangsung di Hohenlinden yang terletak 33km di sebelah timur kota Munich. Pasukan Moreau yang berjumlah 56.000 berhadapan dengan 64.000 pasukan gabungan Austria dan Bayern. Austria mengira mereka sedang mengejar musuh yang kalah, sehingga mereka memasuki medan yang dipenuhi oleh hutan lebat dengan formasi empat kolom. Moreau kemudian menyergap pasukan Austria saat mereka keluar dari hutan Ebersberg sementara divisi Antoine Richepanse dikirim untuk menyerang sayap kiri pasukan Austria. Pasukan Moreau berhasil mengepung dan menghancurkan kolom terbesar Austria. Kemenangan besar ini dan kemenangan Konsul Napoleon Bonaparte dalam Pertempuran Marengo pada 14 Juni 1800 membuat Austria menandatangani Traktat Lunéville yang mengakhiri Perang Koalisi Kedua.
