Pedro Magugat tergabung dalam ordo Misionaris Hati Kudus. Ia mengucapkan kaul sementara pada 8 Januari 1949 dan mengucapkan kaul kekal pada 8 Januari 1952. Magugat menerima penahbisan diakon pada 14 September 1952 dari Uskup Toledo, George John Rehring, dan menerima penahbisan imamat pada 8 Desember.
Paus Yohanes Paulus II mengangkatnya pada 9 Desember 1981 menjadi Vikaris MiliterFilipina. Pada 22 April 1985, Paus Yohanes Paulus II mengangkatnya menjadi Uskup Urdaneta.
