Dalam Pemilihan Umum 1999, Deliar Noer dengan giat berkampanye di berbagai daerah seperti Bandung, Medan, Cirebon, dan banyak lainnya. Melihat pandangan positif masyarakat terhadap partainya, ia optimis bahwa partainya akan mampu menarik para muslim dengan berbagai keyakinan dan pandangan politik, bahkan berharap dapat memenangkan 10% atau lebih dari total suara.[2] Namun, usahanya sia-sia karena PUI hanya meraih 269.309 suara tanpa satu kursi pun di Dewan Perwakilan Rakyat.[6]
Pemilihan Umum 2004
Dengan tampilan buruk PUI dalam Pemilihan Umum 1999, mereka terpaksa melakukan reformasi menjadi partai baru jika ingin berpartisipasi dalam Pemilihan Umum 2004 yang akan datang. Dalam kongres tiga hari yang diadakan di Kaliarung, Yogyakarta (13 Oktober - 16 Oktober 1999) untuk membahasi perubahan yang perlu dilakukan, PUI akhirnya berubah menjadi PUII. Namun, PUII bahkan tidak berhasil menjadi peserta yang memenuhi syarat untuk Pemilihan Umum 2004.[2]
