Sejarah Desa Pabean Udik berasal dari desa yang bernama Pabean, merupakan dari kata (Kepabeanan) yang berarti "segala sesuatu yang berhubungan dengan pengawasan atas lalu lintas barang yang masuk atau keluar daerah pabean serta pemungutan bea masuk dan bea keluar" karena dahulu ada aktivitas Kepabeanan di pelabuhan memungut bea, jadi disebut daerah pabean. Pada saat ini tidak ada aktivitas Kepabeanan di desa tersebut. Saat ini, ada dua desa dengan nama Pabean yaitu Desa Pabean Udik dan Desa Pabean Hilir. Pabean Udik dan Pabean Hilir berawal dari hilir mudik (pulang pergi). Dulunya sungai Cimanuk yang membelah kota Indramayu termasuk sungai besar yang bisa dilalui kapal para nelayan. Ada pelabuhan nelayan, sehingga ada kapal yang berangkat ke hilir dan pulang ke udik.
Menurut Sesepuh Desa Pabean, sebenarnya Desa Pabean sudah terbagi tiga desa. Desa Pabean Udik sendiri dibagi menjadi dua desa yaitu Desa Karangsong dan Desa Brondong. Sedangkan satu lagi Desa Pabean Hilir. Karangsong adalah nama sebuah desa pecantilan (dukuh), yang pada waktu itu masyarakat mengenalnya dengan nama karang kosong. Tempat kepemerintahannya berada di Desa Pabean Udik. Namun walaupun Karangsong hanya sebuah pecantilan namanya lebih dikenal masyarakat luas dibandingkan dengan nama Pabean Udik yang menjadi desanya. Pedukuhan Karangsong dikenal sebagai kampung nelayan dan perajin kapal, sejak hadirnya banyak warga yang pandai membuat kapal nelayan. Asal mula Desa Karangsong terletak didekat pesisir pantai di mana alam telah menimbulkan tanah sejauh satu sampai dua kilometer. Pada saat itu sesepuh bersama tokoh masyarakat sepakat untuk menamakan desa pemekaran itu menjadi Desa Karangsong yang berarti karang itu tanah song, tidak berpenghuni atau tanah alam yang belum berpenghuni.
Sedangkan nama Desa Brondong, Kecamatan Pasekan muncul ketika pada masa penjajahan tentara sekutu, yang waktu itu membakar lahan atau sawah masyarakat dengan cara menembakkan senapan ke sawah, akhirnya sawah yang kering terbakar habis. Dengan bahasa lain yang mungkin lebih familiar adalah “dibrondong” peluru.
