Ia memiliki sebuah otobiografiIn Search of My Ancestral Home tentang pengalamannya mengunjungi kampung asal kakeknya di Moiyan (Meixian), Tiongkok.
Sidharta menikah dengan Dr. Priguna Sidharta (Sie Pek Giok) dan memiliki 3 anak, Sylvia, Julie, dan Amir Sidharta, yang bekerja sebagai kurator. Ia dikaruniai lima cucu: David Leibovic, Jonathan Leibovic, Daniel Leibovic, Radyatra Sidharta, dan Prajnacita Sidharta.
Pendidikan
Sidharta, seperti orang Tionghoa Indonesia lain pada masanya, mengenyam pendidikan di sekolah Belanda. Sidharta adalah bagian dari komunitas Hakka. Kakeknya, imigran dari Meixian, Guangdong, khawatir cucu-cucunya akan kehilangan identitasnya sebagai orang Tionghoa. Ia lantas mendorong Sidharta untuk belajar bahasa Mandarin. Untungnya ada seorang guru Mandarin perempuan yang tinggal di rumah kakeknya yang dapat mengajari Sidharta.
Ia mendapat gelar S1-nya dalam bidang psikologi dari Rijks Universitet, Leiden, Belanda.