Pada 2015 Mudyat menjadi peserta pemilihan kepala daerah Kota Samarinda. Ia maju sebagai calon wali kota berpasangan dengan Iswandi sebagai calon wakil wali kota. Lawannya adalah pasangan petahana, Syaharie Jaang dan Nusyirwan Ismail. Hasil pemungutan suara menunjukkan pasangan Mudiyat-Iswandi memperoleh 66.623, sedangkan Syaharie-Nusyirwan 207.444 suara. Mudyat gagal menjadi wali kota Samarinda periode 2016–2021.[4][5] Pada saat itu muncul tudingan bahwa pasangan Mudyat-Iswandi merupakan calon boneka untuk mencegah terjadinya calon tunggal. Pendaftaran Mudyat-Iswandi oleh Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) dan Partai Hati Nurani Rakyat (Hanura) dilakukan dalam masa perpanjangan pendaftaran.[6]
Mudyat kembali menjadi caleg DPR RI pada 2024 dari partai yang berbeda. Ia maju melalui Partai Nasional Demokrat (Nasdem).[7] Hasil perolehan suaranya kembali tidak mencukupi syarat lolos menjadi anggota DPR.[8]
Pada momen pemilihan umum 2014, tiga lembaga pegiat lingkungan, yaitu Jaringan Advokasi Tambang (Jatam) Kaltim, Naladwipa Institute, dan Posko Pengaduan Kasus Korupsi SDA, merilis 18 nama calon legislatif dan partai politik yang dianggap mendukung aktivitas pengerukan batu bara di Kalimantan Timur, sehingga mengakibatkan kerusakan lingkungan. Dalam rilis tersebut, salah satunya adalah Mudyat Noor, caleg DPR RI.[12] Pada September 2025, Mudyat Noor menanggapi kritik dari kreator konten Dian Rana terkait pembangunan IKN di Sepaku. Ia menilai kritik tersebut sepotong-sepotong dan berpotensi menimbulkan salah paham. Dalam kesempatan itu, Mudyat menantang untuk berdiskusi terbuka melalui talk show, podcast, atau media lainnya.[13]
