Pada masa kepemimpinan Presiden Ben Ali, Marzouki yang merupakan opisisi terkuat ini sempat diasingkan ke Prancis selama satu dekade. Marzouki selama ini dikenal sebagai Ketua Liga Tunisia bagi Penegakan HAM(Tunisian League for the Defence of Human Rights/LTDH) sejak tahun 1989.[5]
Pada November 2021, Moncef Marzouki menjadi subjek surat perintah penangkapan internasional karena membahayakan keamanan negara.[6]
Kehidupan pribadi
Ia adalah ayah dari 3 anak. Namun ia telah bercerai dengan istrinya yang berkebangsaan Prancis. Selain itu, Marzouki juga dikenal sebagai seorang penulis buku yang produktif. Ia diketahui telah menulis beberapa buku baik dalam bahasa Prancis maupun Arab, salah satunya berjudul Dictators on Watch: A Democratic Path for the Arab World.
