Setelah runtuhnya rezim komunis di negara tersebut, Opocensky dituduh menjadi mata-mata untuk polisi rahasia, namun tuduhan-tuduhan itu tidak terbukti.
Opocensky meninggal dunia pada 31 Januari2007 di Jenewa, Swiss pada usia 75 tahun; meninggalkan istrinya, Jana Opočenský, yang juga seorang pengkhotbah seperti dirinya.
Kehormatan
Opocensky mendapatkan sejumlah gelar kehormatan, antara lain dari Fakultas Teologi Protestan dari Universitas Brussel dan dari College of Wooster, Ohio, Amerika Serikat)