Desa Mekarsari awalnya bernama Desa Kepedek. Asal-usul nama desa ini berasal dari kata kapedek/kepedek yang berarti dekat. Pada tahun 1982 pada masa kepemimpinan Kepala Desa H. Soebandji bersama beberapa tokoh masyarakat sepakat mengubah nama desa ini menjadi Desa Mekarsari.
Desa Mekarsari terdiri dari 5 Dukuh, yaitu Dukuh Kuwaon (RW. 01), Dukuh Suaran (RW. 02), Dukuh Duduhan (RW. 03), Dukuh Kepedek/Kepatokan (RW. 04) dan Dukuh Klangkiran (RW. 05).
