Desa Margasari adalah merupakan salah satu desa yang terdapat di wilayah Kecamatan SidarejaKabupaten Cilacap, Provinsi Jawa Tengah. Terletak pada ketinggian 4 meter dari permukaan air laut, yang beriklim tropis dengan suhu rata-rata 28°C dengan kelembapan udara rata-rata 74% dan memiliki curah hujan 300 Mm.
Margasari terletak 6km sebelah barat Kecamatan Sidareja dan 65km sebelah barat Kabupaten Cilacap, memiliki jarak tempuh rata-rata 1.5 jam dengan menggunakan angkutan umum. Desa Margasari memiliki dua dusun, yaitu dusun Warureja dan dusun Margasari yang terdiri atas 4 RW dan 28 RT.
Desa Margasari berdiri sejak 01 April 1989 yang merupakan pemekaran dari desa induk yaitu Desa Tinggarjaya, pemekaran Desa Tinggarjaya dibagi menjadi tiga bagian: satu desa induk yaitu Desa Tinggarjaya, dan dua desa persiapan yaitu Desa Margasari dan Desa Tegalsari.
Nama Margasari diambil dari nama salah satu dusun yang berada di wilayah desa persiapan yang akan dibentuk, nama tersebut dijadikan sebagai nama desa dengan alasan:
Ø Salah satu kepala Desa Tinggarjaya berasal dari dusun Margasari.
Ø Dusun Margasari adalah dusun yang tertua di antara dua dusun yang ada di wilayah desa persiapan tersebut yang akan dibentuk.
Ø Hasil musyawarah tokoh masyarakat tentang persiapan pemekaran dan pembentukan pemerintah desa.
Secara administratif Desa Margasari di batasi oleh Desa sebagai berikut:
Sebelah Utara: Desa Serang Kecamatan Cipari dan Desa Purwosari Kecamatan Wanareja
Sebelah Selatan: Desa Rejamulya Kecamatan Kedungreja
Sebelah Barat: Desa Bojongsari Kecamatan Kedungreja dan Desa Rurwosari Kecamatan Wanareja
Sebelah Timur: Desa Tinggarjaya dan Desa Tegalsari Kecamatan Sidareja
Di Desa Margasari terdapat pasar mingguan yang dikenal dengan pasar prapatan.[1]
