Kecamatan Margahayu berada di tengah-tengah cekungan Bandung sehingga kontur tanahnya relatif datar. Sungai Citarum mengalir di selatan kecamatan dan menjadi batas alam dengan kecamatan Katapang. Di Margahayu mengalir beberapa anak sungai dari Bandung Utara yang bermuara ke sungai Citarum sehingga di musim hujan sering kali meluap dan mengakibatkan banjir di sekitaran jalan dengdek desa Margahayu Selatan yang memutus jalan raya Kopo–Soreang selama beberapa jam.
