Pada 16 September 1912, Paus Pius X mengangkatnya menjadi Uskup Fortaleza. Pada 10 November 1915, kala Keuskupan Fortaleza ditingkatkan menjadi Keuskupan Agung, Manoel da Silva Gomes diangkat menjadi Uskup Agung Fortaleza.
Pada 24 Mei 1941, Paus Pius XII menerima pengunduran diri dari Manoel da Silva Gomes dan diangkat menjadi uskup agung tituler Viminacium.
