Sepanjang sejarah, belum pernah dikenal istilah Maluku Tengah hingga abad XIX. Pembagian Kepulauan Maluku menjadi tiga kawasan geografis didasari oleh kebijakan Belanda pada masa VOC. yang membagi Kepulauan Maluku menjadi tiga kegubernuran: Ternate, Ambon, dan Banda. Kegubernuran Ambon yang berpusat di Benteng Victoria mencakup Maluku Tengah sekarang, kecuali Kepulauan Banda, sedangkan Kegubernuran Banda yang berpusat di Benteng Belgica mencakup Maluku Tenggara termasuk Kepulauan Banda itu sendiri. Sesuai dengan nama kegubernurannya, orang yang berasal dari Maluku Tengah pada masa itu sering disebut dengan istilah luas orang Ambon, meski istilah tersebut sendiri bermakna sejati suku Ambon.[2] Ketiga kegubernuran tersebut kemudian disatukan pada 1817 menjadi satu kegubernuran, yakni Kegubernuran Maluku yang berpusat di Ambon.[3]
Penggunaan istilah Maluku Tengah dirintis oleh Pemerintah Indonesia pada 1950 dalam menamai tiga kabupaten di Provinsi Maluku yang kala itu masih mencakup seluruh Kepulauan Maluku: Maluku Utara, Maluku Tengah, dan Maluku Tenggara. Sebaliknya, istilah Maluku Selatan-lah yang lumrah digunakan pada masa penjajahan untuk membedakan Maluku Utara dan Maluku Selatan yang mencakup Maluku Tengah dan Maluku Tenggara kini. Ada beberapa hal yang menyebabkan istilah tersebut tidak digunakan lagi oleh Pemerintah Indonesia, yaitu kenyataan bahwa Maluku Selatan dibagi menjadi dua kabupaten serta keterkaitan istilah tersebut dengan Republik Maluku Selatan. Istilah Ambon pun sering digunakan untuk mengganti nama kawasan ini.[4]
Leirissa, R.Z.; Ohorella, G.A.; Latuconsina, Djuariah (1999). Sejarah Kebudayaan Maluku(PDF). Jakarta: Proyek lnventarisasi dan Dokumentasi Sejarah Nasional Direktorat Sejarah dan Nilai Tradisional Direktorat Jenderal Kebudayaan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. ISBN979-9335-07-8.Pemeliharaan CS1: Status URL (link)