Pada awalnya pemakaman ini hendak digunakan oleh Sultan Agung beserta keluarganya. Akan tetapi rencana tersebut dibatalkan karena kondisi bukit Girilaya yang terlalu sempit dan beberapa kerabat Sultan Agung telah dimakamkan terlebih dahulu di sini. Oleh karenanya, Sultan Agung kemudian mencari alternatif tempat lain yang lokasinya tidak jauh dari Girilaya, yaitu bukit Merak yang berada di selatan Girilaya, kemudian dikenal dengan nama Astana Pajimatan Himagiri.[1]
Astana Girilaya terdiri atas empat bagian yaitu makam di sisi barat, makam di sisi timur, makam di luar pagar keliling dan masjid. Untuk menuju makam di sisi barat perlu melewati 25 anak tangga. Menurut ketinggian, Girilaya menjadi kompleks pemakaman yang paling tinggi di antara makam-makam lainnya yang ada di Imogiri.[1]
