Per pertandingan yang dimainkan pada 4 September 2013. Sumber: IPL Table Kriteria penentuan peringkat: 1) points; 2) goal difference; 3) number of goals scored. (A) Lolos ke babak berikutnya; (D) Diskualifikasi. Catatan:
↑Setelah kongres luar biasa, PSSI memutuskan liga dualisme bergabung menjadi satu liga pada musim 2014 dengan nama Indonesia Super League. Oleh karena itu, Indonesian Premier League (IPL) memperoleh slot sebanyak 4 tim yang berhak tampil di liga baru, kuota diambil dari empat tim terbaik di IPL musim 2013.[1]
Diperbarui hingga pertandingan yang dimainkan pada 2 Juni 2013. Sumber: Hasil IPL Warna: Biru = tim tuan rumah menang; Kuning = seri; Merah = tim tamu menang.