Asosiasi dialokasikan slot sesuai dengan peringkat kompetisi klub yang diterbitkan setelah kompetisi 2023–24 selesai.[4] Slot dapat disesuaikan kembali berdasarkan hasil kompetisi 2024–25.
Pada tabel berikut, jumlah penampilan dan jumlah penampilan terakhir sejak musim 2002–03, ketika kompetisi tersebut berganti nama menjadi Liga Champions AFC.
^AFC Champions League Elite (ACLE):Al-Ahli lolos sebagai juara AFC Champions League Elite 2024–25. Mereka menggantikan tim peringkat ketiga di Liga Pro Saudi 2024–25, kecuali Al-Ahli juga lolos sebagai salah satu dari dua tim teratas di Liga Pro Saudi 2024–25.
^Australia (AUS): As the 2024–25 A-League Men regular season champions Auckland FC are a team from New Zealand and therefore ineligible to participate in AFC club competitions, the spot reserved for the A-League Men regular season champions was transferred to the runners-up in the league, Melbourne City.
^Japan (JPN): As the 2024 Emperor's Cup winners Vissel Kobe qualified for the Champions League Elite via their league position, the spot reserved for the Emperor's Cup winners was transferred to the third-placed team in the 2024 J1 League, Machida Zelvia.
^South Korea (KOR): As the 2024 K League 1 third-placed team, Gimcheon Sangmu, are ineligible to qualify for AFC competitions, the spot was transferred to the fourth-placed team, FC Seoul.
Dua pemenang babak play-off (satu dari Wilayah Barat dan satu dari Wilayah Timur) akan melaju ke babak liga untuk bergabung dengan 22 peserta yang sudah lolos langsung. Tim yang kalah di babak play-off kualifikasi akan masuk ke babak grupLiga Champions Dua AFC 2025–2026.
Sumber: AFC Kriteria penentuan peringkat: 1) poin; 2) poin satu-lawan-satu; 3) selisih gol satu-lawan-satu; 4) gol yang dicetak satu-lawan-satu; 5) selisih gol; 6) jumlah gol yang dicetak; 7) peringkat fair play; 8) undian.
Sumber: AFC Kriteria penentuan peringkat: 1) poin; 2) poin satu-lawan-satu; 3) selisih gol satu-lawan-satu; 4) gol yang dicetak satu-lawan-satu; 5) selisih gol; 6) jumlah gol yang dicetak; 7) peringkat fair play; 8) undian.
Pertandingan babak 16 besar wilayah Barat ditunda tanpa batas waktu oleh AFC karena dampak dari perang Iran 2026.[7][8] Leg pertama awalnya dijadwalkan dimainkan antara tanggal 2 dan 4 Maret, dengan leg kedua antara tanggal 9 dan 11 Maret. Kemudian AFC memutuskan bahwa wilayah Barat akan beralih ke format satu leg pada tanggal 13-14 April di Jeddah, Arab Saudi.[9]
Pertandingan leg pertama untuk Wilayah Timur dimainkan pada tanggal 3 dan 4 Maret, sedangkan leg kedua dimainkan pada tanggal 10 dan 11 Maret.