Desa Kupu terbelah menjadi dua bagian oleh aliran sungai Kemiri. Di sebelah barat dikenal dengan sebutan Kupu Kulon dan di sebelah Timur dikenal dengan sebutan Kupu Wetan. Satu sebutan lagi adalah Kupu Dukuh karena letaknya dipisahkan oleh tegalan yang cukup luas dan berada paling timur yang berbatasan dengan Desa Pengarasan.
