Tanggal pasti pendirian Kupiškis tak diketahui. Menurut bukti arkeologis orang telah tinggal di daerah ini setidaknya dari 3000-2000 SM. Ada bukti arkeologis berupa kastel kayu abad ke-13 di benteng bukit setempat (Aukštupėnų Piliakalnis). Dalam sumber-sumber historis Kupiškis pertama kali disebutkan pada 1529.
Menurut Biro Pusat Statistik Lituania, penduduk Kupiškis sejak 1 Januari2005 ialah 8.243 dan 23.901 kotamadyadistrik Kupiškis. Susunan etnis di kotamadya distrik Kupiškis, menurut sensus2001:
Kupiškis-dikenal dalam bahasa Yiddish sebagai Kupishok-ialah tempat sekitar 1.444 orang Yahudi sebelum PD II. Sinagog Besar di Kupiškis terbuat dari batu. Bagian bata merahnya ialah Sinagog Misnagdim. Sinagog Besarnya digunakan sebagai Rumah Budaya selama masa Uni Soviet. Bagian Misnagdim kini digunakan sebagai ruang pemanas untuk memanaskan bangunan utama yang kini memuat Perpustakaan Umum dan Dinding Peringatan Holocaust yang didirikan pada 13 Juli2004.
