Kunir kemungkinan telah dihuni orang semenjak dahulu kala. Toponimi Kunir (sebagai Kunir [dan] Basini) telah disebut-sebut dalam Kitab Kakawin Nagarakretagama (pupuh 22:4) sebagai tempat yang dilalui oleh Raja Hayam Wuruk dalam perjalanannya di wilayah Lamajang.[1][2] Sejarawan Th.G.Th. Pigeaud menafsirkan Kunir dalam kitab babad tersebut sebagai wilayah Kunir yang sekarang.[3] Begitu pula pendapat dua artikel yang ditulis sekitar seabad yang lalu.[4][5]
Baru-baru ini di wilayah Desa Kedungmoro, tidak begitu jauh di sebelah utara kota Kunir sekarang, ditemukan petilasan sebuah candi yang diduga berasal dari masa Kerajaan Majapahit (abad ke-13 dan 14).[6] Temuan bekas-bekas candi Hindu ini turut memperkuat sangkaan bahwa Kunir merupakan wilayah pemukiman yang cukup ramai pada masa silam.[7]
