Desa Kedungsari dahulu terdiri dari 9 dusun, yaitu:
Dusun Jetis
Dusun Karang
Dusun Tundan
Dusun Jenggotan
Dusun Kedungan
Dusun Pranan
Dusun Wonosaran
Dusun Gatak Paingan
Dusun Kwangsan
Nama "Kedungsari" diartikan oleh orang dulu yaitu KEDUNG yang artinya wadah untuk menampung, dan SARI artinya kemakmuran. Jadi, Kedungsari adalah wadah/tempat yang makmur. Dari 9 dusun tersebut kemudian diringkas menjadi 6 dusun, yaitu: