Masa Kemerdekaan Indonesia
Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Riau tanggal 9 Agustus 1964 No. UP / 247 / 5/ 1965, terhitung 1 Januari 1966 semua daerah administratif kewedanaan dalam Kabupaten Kepulauan Riau dihapus.
Berdasarkan Undang-Undang No. 53. Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Pelalawan, Kabupaten Rokan Hulu, Kabupaten Rokan Hilir, Kabupaten Siak, Kabupaten Karimun, Kabupaten Natuna, Kabupaten Kuantan Singingi dan Kota Batam.
Kabupaten Natuna terdiri atas 6 Kecamatan yaitu Kecamatan Bungguran Timur, Bungguran Barat, Jemaja, Siantan, Midai dan Serasan dan satu Kecamatan Pembantu Tebang Ladan.
Sejarah pemerintahan Kabupaten Kepulauan Anambas tidak terlepas dari sejarah Kabupaten Kepulauan Riau (sekarang Kabupaten Bintan), yang hingga saat ini Kabupaten Kepulauan Riau juga telah dimekarkan menjadi 6 Kabupaten/Kota lainnya, yaitu:
Seiring dengan kewenangan otonomi daerah, Kabupaten Natuna kemudian melakukan pemekaran daerah kecamatan, yang hingga tahun 2008 menjadi 17 kecamatan dengan penambahan, Kecamatan Palmatak, Subi, Bungguran Utara, Pulau Laut, Pulau Tiga, Bunguran Timur Laut, Bunguran Tengah, Siantan Timur, Siantan Selatan, Jemaja Timur dan Siantan Tengah. Seiring dengan pemekaran kecamatan yang bertujuan untuk memperpendek rentang kendali, muncul aspirasi untuk menjadikan Gugusan Kepulauan Anambas sebagai daerah otonom tersendiri.
Melalui perjuangan panjang, Kabupaten Kepulauan Anambas akhirnya terbentuk melalui Undang-Undang No.33 Tahun 2008 tanggal 24 Juli 2008. Kabupaten Kepulauan Anambas terdiri dari 6 Kecamatan yaitu Kecamatan Siantan, Kecamatan Siantan Timur, Kecamatan Siantan Selatan, Kecamatan Palmatak, Kecamatan Jemaja dan Kecamatan Jemaja Timur. Ditambah dengan 1 Kecamatan yaitu Kecamatan Siantan Tengah yang dibentuk berdasarkan Keputusan Bupati Kabupaten Natuna Nomor 17 Tahun 2008 dengan cakupan wilayah administrasi Desa Air Asuk, Desa Air Sena dan Desa Teluk Siantan.
