Jon M. Chu lahir di Palo Alto, California, dan besar di Los Altos. Ibunya, Ruth Chu, lahir di Taiwan dan ayahnya, Lawrence Chu, lahir di Sichuan.[3][4][5] Lawrence Chu merupakan seorang koki terkenal dan orang tuanya memiliki usaha restoran Chef Chu's, sebuah restoran terkenal di Los Altos.[6][7] Ia menempuh pendidikan di Pinewood School dari taman kanak-kanak hingga kelas 12.[8] Ia menikah dengan kekasih lamanya, desainer grafis Kristin Hodge, di Napa Valley pada tanggal 27 Juli 2018 dan memiliki seorang anak perempuan.[9]
