Johannes Alvarez Manusama (17 Agustus 1910–29 Desember 1995), seorang mantan guru sekolah dan freemason, Menteri Pendidikan dan Menteri Pertahanan RMS (1950), adalah presiden ketiga tidak diakuipemisahan diriRepublik Maluku Selatan (1966–1993).
Manusama lahir pada 17 Agustus 1910 di Banjarmasin. Ayahnya adalah Maluku Selatan, sedangkan ibunya adalah Indo. Di masa mudanya, ia menjadi anggota Indo NSB hingga tahun 1940.