Institut Agama Islam Negeri Sorong merupakan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) satu-satunya di Papua Barat Daya. IAIN Sorong adalah perguruan tinggi keagamaan negeri di bawah kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang agama. IAIN Sorong memiliki empat pilar pembinaan yakni a) keislaman; b) keindonesiaan; c) kepapuaan; d) dan kepemimpinan.

Institut Agama Islam Negeri Sorong atau yang familiar dengan sebutan IAIN Sorong, berdiri pada tanggal 28 Februari 2020 bertepatan dengan tanggal 4 Rajab 1441 H berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 40 Tahun 2020 tentang Institut Agama Islam Negeri Sorong. Dies Natalis diperingati setiap tanggal 20 Juli berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 78 Tahun 2006 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Sorong atau yang kita kenal sebagai STAIN Sorong.

Terbentuknya IAIN Sorong yang kita kenal saat ini tidak terlepas dari sejarahnya dalam waktu yang relatif singkat, keinginan peralihan STAI Al-Hikmah Sorong yang berstatus swasta ke Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri berhasil diwujudkan setelah diperoleh respon positif atau rekomendasi dari pihak Koordinator Perguruan Tinggi Agama Islam (Kopertais) Wilayah VIII Makassar, kemudian ditindaklanjuti pengusulan tersebut ke tingkat Direktorat Jenderal Perguruan Tinggi Agama Islam Departemen Agama RI. Peresmian alih status tersebut ditandai dengan ditunjuknya Dr. H. Saifuddin, MA. sebagai pejabat sementara atau Pgs. Ketua STAIN Sorong selama setahun, 2006-2007. Setelah resmi dilantik pada pertengahan tahun 2007 oleh Menteri Agama RI di Jakarta, maka Dr. H. Saifuddin, MA secara defenitif menjabat sebagai Ketua STAIN Sorong periode 2007-2011. Sebelum masa jabatan Prof. Dr. H. Saifuddin, MA berakhir, beliau meninggal dunia dan akhirnya diputuskan untuk dijadikan Pgs. Ketua STAIN Sorong adalah Pembantu Ketua III yang saat itu dijabat oleh Dr. Muhammad Yusuf, M.Ag sampai tiba masa pemilihan ketua STAIN Sorong yang definitif yaitu pada bulan Maret 2012. Setelah pemilihan Ketua STAIN Sorong melalui rapat Senat perguruan tinggi akhirnya terpilihlah Prof. Dr. H. Abustani Ilyas, M.Ag tahun 2012- 2016. Dengan berakhirnya masa kepemimpinan Prof. Dr. H. Abustani Ilyas, M.Ag, pemilihan Ketua STAIN Sorong melalui rapat Senat perguruan tinggi untuk memberikan pertimbangan kepada beberapa calon ketua yang diusulkan ke Kementerian Agama RI untuk dilakukan Fit and Proper test yang akhirnya terpilihlah Dr. Hamzah, M.Ag. melalui keputusan Menteri Agama untuk periode 2016-2020.

Tahun 2020 merupakan tahun evolusioner bagi STAIN Sorong. Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 40 Tahun 2020, Sekolah Tinggi Ilmu Agama Islam Negeri Sorong beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri Sorong. Alih status STAIN Sorong menjadi IAIN Sorong dalam rangka memperluas rumpun ilmu agama islam dan memenuhi tuntutan perkembangan dan kebutuhan masyarakat, serta mewujudkan sumber daya manusia yang berkualitas khususnya wilayah Papua. Visi IAIN Sorong "menjadi lokomotif pengembangan harmoni dan produktivitas ilmu pengetahuan berbasis keislaman dan teknologi" yang tertuang dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 11 Tahun 2021 tentang STATUTA IAIN Sorong menjadi tolok ukur keberhasilan IAIN Sorong dalam penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Sejalan dengan visi tersebut, salah satu tujuan IAIN Sorong meningkatkan kualitas kelembagaan, sarana, prasarana, pendidik, dan tenaga kependidikan yang mendukung mutu layanan administrasi. Terhitung 1 Juni 2023 berdasarkan keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia No. 30875/M/07/2023 tanggal 25 Juli 2023 ditetapkan Prof. Dr. Hamzah, M. Ag sebagai guru besar dalam bidang ilmu ekonomi islam. Penetapan ini juga sekaligus menjadikan beliau sebagai Guru Besar bidang ilmu ekonomi islam yang pertama di Provinsi Papua Barat Daya. Terlepas pencapaian yang luar biasa pada Tahun 2023, sejak tahun 2021, Prof. Dr. Hamzah, M. Ag juga melakukan evolusi yang luar biasa bagi IAIN Sorong. melalui kebijakannya, SDM IAIN Sorong khususnya Dosen PNS dan DTB PNS melanjutkan studi ke jenjang S3. Kebijakan tersebut bertujuan untuk meningkatkan dan memperluas kemitraan dalam pengembangan SDM IAIN Sorong yang kompetitif dan kolaboratif.

Tahun 2024 IAIN Sorong mengalami pergeseran kepemimpinan dengan berakhirnya periode kepemimpinan Prof. Dr. Hamzah., M.Ag., IAIN Sorong memasuki babak baru dalam dunia pendidikan di Indonesia Timur. Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 017614/B.II/3/2024 mengantarkan Dr. Suparto Iribaram., S.Sos., M.A sebagai pemimpin baru IAIN Sorong dalam masa jabatan 2024 hingga 2028. Arah baru IAIN Sorong menjadi suatu Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri di Timur Indonesia untuk dunia. Tahun pertama beliau menjabat telah menghasilkan banyak lulusan yang siap bekerja di dunia industri, pendidikan, maupun wiraswasta dengan masa tunggu kurang dari satu tahun. Di bawah panji kepemimpinan beliau IAIN Sorong mampu menjadi rujukan dunia Internasional sebagai Perguruan Tinggi tujuan mahasiswa asing untuk memperdalam ilmu dalam bidang sains, keislaman, komunikasi dan sastra dalam bingkai lokal Papua. Kepemimpinan institusi terus berkembang secara dinamis untuk menjawab tantangan lokal, nasional, dan global dengan semangat “The New Spirit – Kitorang Punya.” IAIN Sorong terus bergerak dan melangkah menjajdi internasional university mengusung tema "Bridge of change" yang membuka peluang bagi Papua untuk lebih di kenal dunia.

Institut Agama Islam Negeri Sorong Memiliki dua Fakultas dan satu program Pascasarjana dengan beberapa program studi diantaranya:

Fakultas Tarbiyah

Fakultas Syariah dan Dakwah 

Program Pascasarjana