STAIN Ponorogo berawal dari pengalihan status atas Fakultas Syari'ah IAIN Sunan Ampel. Pada awal tahun 70-an, IAIN Sunan Ampel tumbuh dengan pesat dan berhasil membuka 18 fakultas yang tersebar di tiga provinsi: Jawa Timur, Kalimantan Timur dan Nusa Tenggara Barat. Salah satu fakultas yang dimaksud adalah Fakultas Syari’ah IAIN Sunan Ampel. Untuk meningkatkan efisiensi, efektivitas, dan kualitas pendidikan di IAIN, maka dipandang perlu melakukan penataan terhadap fakultas-fakultas di lingkungan IAIN yang berlokasi di luar IAIN induk. Berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 Tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri, semua fakultas di lingkungan IAIN yang berlokasi di luar induk, berubah menjadi Sekolah Tinggi agama Islam Negeri (STAIN) dan tidak lagi menjadi bagian dari IAIN.
Pada tahun 2016, STAIN Ponorogo ditingkatkan statusnya menjadi Institut Agama Islam Negeri Ponorogo berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 75 Tahun 2016. IAIN Ponorogo akhirnya bertransformasi menjadi Universitas Islam Universitas Islam Negeri Kiai Ageng Muhammad Besari Ponorogo pada Mei 2025.[5] Nama Kiai Ageng Muhammad Besari diambil dari nama tokoh agama terkemuka dari Ponorogo yang juga pendiri salah satu pesantren pertama di Nusantara.
Fakultas dan Program Studi
UIN Ponorogo saat ini memiliki beberapa fakultas beserta progam studi diantaranya adalah:
