Hubungan dengan Kesultanan Utsmaniyah (Pendahulu negara Turki) berawal dari ekspedisi Utsmaniyah ke Aceh pada abad ke-16, dengan alasan merespons kepada permintaan bantuan Kesultanan Aceh terhadap Portugis di Malaka.[3] Ketika Indonesia berada di bawah penjajahan Belanda dan resmi bernama Hindia Belanda, Utsmaniyah mendirikan konsulat di Batavia pada tahun 1882. Hal ini dilakukan sebagai upaya Utsmaniyah untuk melindungi umat Islam di seluruh dunia.
Setelah runtuh dan digantikan oleh Turki, Turki mengakui Indonesia pada 29 Desember 1949 dan hubungan diplomatik telah dibangun pada 1950. Kedutaan besar Turki di Jakarta telah dibuka pada tanggal 10 April 1957.
