Selain menjadi Dosen Tetap pada Jurusan Antropologi Budaya, Fakultas Ilmu Budaya, Universitas Gadjah Mada, Heddy Shri Ahimsa-Putra juga menjadi dosen luar biasa di beberapa universitas di Indonesia serta menjadi dosen tamu di Dagon University, Myanmar (2004). Sebagai peneliti, Heddy Shri Ahimsa-Putra pernah menjadi asisten peneliti di Pusat Studi Pedesaan dan Kawasan, UGM (1976-1978); di Department of Anthropology, Columbia University (1992); peneliti di Pusat Studi Kebudayaan, UGM (1996-2004); dan kini menjadi peneliti senior di Pusat Studi Pariwisata, UGM (sejak 1997); anggota Tim Pertimbangan Penelitian UGM (2004-2009). Penelitian di berbagai tempat di Indonesia mengenai berbagai masalah sosial-budaya juga telah dilakukannya, di samping penelitian di negara lain, yakni di Belanda (1982) mengenai politik lokal dan di Myanmar (2006-2007) mengenai pariwisata. Beberapa bukunya yang terkenal antara lain Strukturalisme Lévi-Strauss, Mitos dan Karya Sastra (2001; 2007);[8]Patron dan Klien di Sulawesi Selatan: Sebuah Kajian Fungsional-Struktural (2007).[7][9]
“Kata Pengantar: Strukturalisme, Candi dan Nilai” dalam Nilai-nilai Pendi- dikan Karakter Dalam Relief Cerita Tantri: Perspektif Strukturalisme Levi-Strauss, B.Suprapto, D.N.Wijaya, U.Nafi’ah. Yogyakarta: Kanisius. [2017].
"Islam Muna, Islam Nusantara". [2017].
“Paradigma Etnosains: Kehadiran dan Perkembangannya di Indonesia”. [2017].
“Paradigma Ilmu Sosial-Budaya: Sebuah Pandangan”. [2017].
"Tengku Luckman Sinar: Bangsawan, Ilmuwan dan Budayawan Melayu”. [2016].
"Strategi Kebudayaan untuk Revolusi Mental di Indonesia". [2015].
”Antropologi Postmodern: Sketsa Sebuah Paradigma Antropologi”. [2015].
”Teori, Etnografi dan Refleksi”. [2015].
”Paradigma Profetik: Sebuah Konsepsi”. [2013].
”Wacana Pembuka: Sastra, Budaya dan Karakter Manusia”. [2013].
”Wacana Pembuka: Bahasa, Budaya dan Karakter Manusia”. [2013].
"Manunggaling Kawula-Gusti: Dua Yang Satu, Satu Yang Dua”. [2013].
Remembering, misremembering and forgetting: The struggle over Serangan Oemoem 1 Maret 1949 in Yogyakarta, Indonesia. [2012].
"Dewa Ruci Sebagai Lakon: Teori-teori Aris Wahyudi”. [2012].
“Epilog: Ki Ageng Suryomentaram dan Kawruh Jiwa: Beberapa Perspektif”. [2012].
”Etno-Bencana: Etnosains untuk Kajian Bencana”. [2012].
“Remembering, Misremembering and Forgetting: The Struggle over “Serangan Oemoem 1 Maret 1949” in Yogyakarta, Indonesia”. [2012].
'Pengelolaan Sumber Daya Budaya Berbasis Komunitas: Perspektif Fenomenologi Sosial". [2011].
"Pau-pau Rikadong dalam Budaya Bugis”. [2011].
"Tiga Mitos tentang Orang Bajo, di Sulaho, Sulawesi Tenggara”. [2011].
”Pengelolaan Sumberdaya Budaya Berbasis Komunitas: Perspektif Fenomenologi Sosial”. [2011].
Sumberdaya Budaya: Makna Sosial, Makna Budaya dan Perubahannya”. [2011].
”Kearifan Lokal dalam Sastra: Metode untuk Menemukannya”. [2011].
“Sumberdaya Budaya di Kalimantan: Dari Kondisi ke Apresiasi“. [2011].
"Kata Pengantar: Menjadi Cina Muslim: Kisah-kisah Dari Semarang”. [2009].
“Budi: Roh Integrasi Sosial dan Jatidiri Budaya Melayu”. [2009].
“Indonesia: Cultural Pluralism Without Multiculturalism”. [2009].
“Etnosains: Mengungkap Pengetahuan Masyarakat Pedesaan”. [2008].
"Dua Tradisi Lisan dari Danau Sentani, Papua”. [2008].
"Analisis Struktural-Fungsional Hikayat Hang Tuah: Penjelasan dan Kritik”. [2008].
“Etnosains Untuk Etnokoreologi Nusantara (Antropologi dan Khasanah Tari)”. [2007].
“Etnosains, Etnotek dan Etnoart: Paradigma Fenomenologis Untuk Revitalisasi Kearifan Lokal”. [2007].
“Wacana Penutup: Kemelayuan –Tanda, Citra, Batas Sosial dan Imajinasi”. [2007].
“Wacana Pembuka: Mencari Jatidiri Melayu”. [2007].
”Tourism and Urban Education: The Case of Yogyakarta”. [2006].
“Antropologi Sosial-Budaya di Indonesia: Tingkat Perkembangan dengan Perspektif Epistemologi”. [2006].
“Melebarkan Jalan Setapak, Memakadam Jalan Desa". [2006].
“Dari Mytheme ke Ceriteme: Pengembangan Konsep dan Metode Analisis Struktural”. [2006].
“Sebuah Kenduri Antropologi”. [2006].
“Strukturalisme Lévi-Strauss: Positivistis dan Fungsionalistis?: Beberapa Catatan Kritis”. [2006].
“Epilogue: Sebuah Bingkisan Untuk Kesehatan Masyarakat”. [2005].
“Prologue: Kesehatan Dalam Perspektif Ilmu Sosial-Budaya". [2005].
“Budaya Lokal dan Islam di Indonesia". [2005].
“Permainan Anak Tradisional di Jawa dan Tantangan Era Kesejagadan”. [2004].
“Permainan Tradisional Anak: Perspektif Antropologi Budaya”. [2004].
“Warisan Budaya”. [2004].
“Gendhon Humardani Sang Inovator”. [2003].
“Epilogue: Wirausaha, Industri Kecil dan Antropologi". [2003].
“Prologue: Dari Ekonomi Moral, Rasional ke Politik Usaha”. [2003].
“Pluralitas Budaya dan Kekerasan Massal: Adakah Hubungannya?”. [2002].
“Latar Budaya Tindak Kekerasan Terhadap Anak di Indonesia”. [2001].
“Wacana Seni dalam Antropologi Budaya: Tekstual, Kontekstual dan Post-Modernistis”. [2000].
“Seni Dalam Beberapa Perspektif: Sebuah Pengantar”. [2000].
“Arca Ganesya dan Strukturalisme: Sebuah Analisis Awal”. [1999].
“Permainan Anak Tradisional di Jawa dan Tantangan Dalam Era Kesejagadan”. [1999].
“Lévi-Strauss, Orang-Orang PKI, Nalar Jawa, dan Sosok Umar Kayam: Telaah Struktural-Hermeneutik Atas Dongeng-Dongeng Etnografis Dari Umar Kayam”. [1998].
“Antropologi Koentjaraningrat: Sebuah Tafsir Epistemologis”. [1997].
