* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 23 Desember 2024 ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 11 Juni 2025
Varela memulai kariernya bersama Peñarol, di kota kelahirannya Montevideo, sebelum bergabung dengan Manchester United pada tahun 2013. Ia tampil sebanyak 11 kali di tim utama United dan dipinjamkan ke tim cadangan Real Madrid, Real Madrid Castilla, dan di Eintracht Frankfurt, sebelum kembali bergabung dengan Peñarol pada tahun 2017. Varela memenangkan dua gelar Divisi Utama Uruguay bersama Peñarol, sebelum kembali ke Eropa pada Januari 2019 ketika ia menandatangani kontrak dengan klub Denmark Kopenhagen. Ia tampil sebanyak 53 kali untuk Kopenhagen dan membantu mereka memenangkan Liga Super Denmark. Pada Oktober 2020, ia bergabung dengan klub Rusia Dynamo Moscow dengan status pinjaman, yang kemudian dipermanenkan pada Juli 2021. Ia kembali ke sepak bola Amerika Selatan pada Juli 2022, ketika ia bergabung dengan Flamengo dengan status pinjaman. Pada Juli 2023, Varela bergabung dengan Flamengo dengan status permanen.
