Prunier meraih gelar PhD dalam bidang Sejarah Afrika pada 1981 dari Universitas Paris. Pada 1984, ia bergabung dengan lembaga saintifik CNRS di Paris sebagai peneliti. Ia juga menjadi Direktur Pusat Prancis untuk Pembelajaran Ethiopia di Addis Ababa.
Prunier telah menerbitkan lebih dari 120 artikel dan lima buku. Ia dapat berbicara dalam bahasa aslinya Prancis, serta Inggris dan Spanyol. Ia juga memiliki pengetahuan yang baik terhadap bahasa Italia dan bahasa Jerman, dan pengetahuan dasar Arab Juba (Arab Sudan) dan Swahili.
Karya yang diterbitkan
Buku
(Prancis)Les Ethnies ont une histoire (ed. with Jean-Pierre Chrétien), Paris: Karthala, 1989, ISBN 2-86537-226-X
(Prancis)L'Ouganda et la question indienne: 1896-1972, Paris: Editions Recherche sur les civilisations, 1990
The Rwanda Crisis: History of a Genocide, Columbia University Press, 1995, ISBN 0-231-10408-1
(Prancis)Le Kenya contemporain, (ed. with François Grignon), Paris: Karthala & Nairobi: IFRA, 1998, ISBN 2-86537-793-8
Darfur: The Ambiguous Genocide, Cornell University Press, 2005, ISBN 0-8014-4450-0
L'Éthiopie contemporaine (director), CFEE-Karthala, Addis Abeba and Paris, 2007, ISBN 978-2-84586-736-9
From Genocide to Continental War: The "Congolese" Conflict and the Crisis of Contemporary Africa, C. Hurst & Co., 2009, ISBN 1-85065-523-5
