Pada tahun 1537, Pizarro berselisih dengan Almagro mengenai masalah pengawasan kota Cuzco. Terlalu tua mengatasi masalah itu sendirian, Pizarro memercayakan komando angkatannya pada saudaranya, yang mengalahkan dan menghukum mati Almagro, segera setelah itu. Sebagai pembalasan, pengikut Almagro membunuh Pizarro pada 26 Juni1541.
Penaklukan
Penaklukan Kerajaan Inka
Pada tahun 1532, Francisco Pizarro ditugaskan oleh Raja Carlos I dari Spanyol untuk menaklukkan wilayah Peru dan sekitarnya. Ia kemudian menemui Atahualpa yang saat itu adalah raja dari Kerajaan Inka. Francisco Pizarro menemuinya dengan pasukan yang terdiri dari 102 serdadu dan 62 ekor kuda. Saat pertemuan berlangsung, Francisco Pizarro memerintahkan kepada seorang pendeta bernama Vicente de Valverde untuk mengumumkan bahwa satu-satunya Tuhan sejati Tuhan sejati ialah Tuhan yang diyakini oleh orang Spanyol. Selain itu, ia juga diperintahkan untuk mengumumkan bahwa satu-satunya raja sejati ialah Raja Spanyol. Baik Tuhan maupun raja orang Spanyol harus dipuja. Namun Atahualpa menolak hal tersebut dan ia melemparkan Alkitab yang sebelumnya diberikan oleh Vicente de Valverde ke tanah. Tindakan ini dianggap penghinaan terhadap Tuhan orang Spanyol dan akibatnya terjadi pertempuran antara rakyat Atahualpa dan pasukan Spanyol. Atahualpa akhirnya ditangkap dan dibunuh.[1]