Fadjar memantapkan diri untuk menjadi Pamong Masyarakat dengan menempuh pendidikan di Akademi Pemerintahan Dalam Negari (APDN). Perjalanan kariernya tidak pernah keluar dari jalur kepamongan dimulai staf kelurahan, wakil camat, camat, asisten wali kota, kepala biro, asisten pemerintahan dan terakhir menjabat sebagai Sekretaris Daerah.
Selama menjadi Sekretaris Daerah, ia pernah menjabat sebagai Pelaksana Tugas Harian Gubernur DKI Jakarta dari 8 Oktober 2012 hingga 15 Oktober 2012 karena masa jabatan Fauzi Bowo sebagai Gubernur DKI Jakarta yang telah berakhir pada 7 Oktober 2012. Selama masa kepemimpinan Gubernur DKI Jakarta Joko Widodo, Fadjar Panjaitan dipercaya sebagai Sekretaris Daerah Provinsi DKI Jakarta untuk mendampingi masa transisi kepemimpinan gubernur yang baru.
Karier politik
Fajar mengakhiri masa birokratnya lebih awal dari masa pensiunnya dengan mengajukan pengunduran diri kepada Gubernur DKI Jakarta saat itu, Joko Widodo pada tanggal 8 April 2013 sebagaimana aturan mengenai pegawai negeri sipil yang wajib mundur dari pekerjaannya apabila aktif berpartisipasi dalam politik praktis sebagai kader di partai politik. Pada Pemilu Legislatif 2014, ia menjadi calon legislatif DPR RI nomor urut enam untuk daerah pemilihan Jakarta III yang salah satunya mencakup kota administrasi yang pernah dipimpinnya pada 2004, Jakarta Barat. Fajar maju pemilu dari Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan dengan memberi dukungan sekaligus berkampanye untuk Joko Widodo, mantan pimpinannya di DKI Jakarta yang bergandengan dengan Jusuf Kalla.[5] Sebagai calon, ia menggaungkan slogan "Mengabdi, Mendengar, Melayani".
Kiprah organisasi
Selama menjabat sebagai Sekda sampai dengan saat ini Fadjar panjaitan tidak pernah lepas dari aktivitas sosial kemasyarakatan maupun kepemudaaan, terakhir Fadjar panjaitan tercatat sebagai Ketua Ikatan Pencak Silat Indonesia (IPSI) DKI Jakarta, selain itu juga tercatat sebagai dewan pembina di beberapa organisasi sosial.
Pada tanggal 21 November 2021, Fadjar dilantik sebagai Ketua Kwartir Daerah Gerakan Pramuka Provinsi DKI Jakarta.[6]
Riwayat jabatan
Kasubbag Mutasi Apatur Pem. Kelurahan (1988–1992)
Wakil Camat Cakung (1992–1994)
Camat Kalideres (1994–1998)
Camat Sawah Besar (1998–1999)
Asisten Adm. Pembangunan Walikotamadya Jaktim (1999–2001)
↑"Dari Kota Ke Kota: Calon Wali kota". Suara Karya. Jakarta: Kementerian Komunikasi dan Informatika Republik Indonesia. 2004-10-15. hlm.9. Diakses tanggal 2025-01-23.