Festival ini mengalami kemunduran pada tahun 1990an, khususnya akibat embargo yang dilancarkan terhadap Yugoslavia pada masa itu. Pada tahun 1993 dan 1994, festival ini bahkan tidak diadakan, dan pada tahun 1997 festival ini terganggu oleh demonstrasi yang menentang kebrutalan polisi terhadap demonstran mahasiswa.
Meskipun begitu, FEST bisa kembali bangkit, dan pada tahun 2007 terdapat 98.191 tiket yang terjual untuk sekitar 80 film.[2]