Djafar kemudian kembali ke Palu untuk menjadi Wedana KPN Palu sekaligus merangkap jabatan sebagai Ketua Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Donggala dari tahun 1953 hingga 1955. Pada tahun 1955 hingga 1956, Djafar kembali ke Poso untuk menjadi Patih (Wakil Bupati) dari Bupati Poso yang saat itu menjabat, Alimuddin Daeng Matiro. Setahun kemudian, Djafar menggantikan posisi Matiro sebagai Bupati Poso hingga jabatannya berakhir pada 1958.[1]
Saat Permesta melakukan pemberontakan di Poso, Djafar sedang dalam masa akhir jabatannya sebagai Bupati. Permesta kemudian melakukan penahanan kepada Djafar sebagai tahanan resmi mereka. Djafar ditahan selama 5 tahun, dan kemudian bebas pada tahun 1962 setelah Permesta ditumpas oleh pemerintah.[5][6]