Saikai ("Reunion")
Tiga tahun setelah peristiwa di Digimon Adventure 02, Taichi Yagami kecewa karena tidak ada teman-temannya yang bisa datang ke pertandingan sepak bolanya. Pada hari pertandingan Taichi, Kuwagamon tiba-tiba muncul dan mengganggu perangkat elektronik di seluruh kota. Taichi mengejar Kuwagamon, yang mengambil bentuk fisik dan mulai menyerang Taichi, menyebabkan kerusakan pada kota. Saat Taichi terpojok, Digivice miliknya bersinar dan Agumon muncul, lalu berevolusi menjadi Greymon untuk menghadapi Kuwagamon. Guna menghadapi Kuwagamon yang semakin banyak muncul, Taichi bergabung dengan Anak-Anak Terpilih yang lain bersama pasangan Digimon mereka, kecuali Joe.Setelah DigiDestined mengumpulkan informasi terkait kejadian-kejadian aneh menjelang penampakan Kuwagamon, yang diyakini disebabkan oleh distorsi ruang, Taichi dan Yamato mengunjungi Nishijima, yang mengungkapkan dirinya sabagai agen dari organisasi pemantauan aktivitas Digimon, terutama Digimon Terinfeksi seperti Kuwagamon yang muncul. Taichi mulai takut bahwa orang-orang bisa terluka akibat tindakannya. Keesokan harinya, Digimon hitam misterius yang dikenal sebagai Alphamon muncul, mengincar Digimon milik Meiko Mochizuki, seorang gadis yang baru saja pindah ke kelas Taichi. Alphamon terlalu kuat untuk dihadapi Digimon lainnya. Yamato kemudian mendesak Taichi untuk menghentikan ketakutannya dan bersama-sama mereka menggabungkan Agumon dan Gabumon menjadi Omegamon, memaksa Alphamon untuk mundur. Setelah itu, Meiko mengungkapkan bahwa dia juga merupakan Anak Terpilih dan pasangannya Meicoomon menjadi terget dari Alphamon.
Ketsui ("Determination")
Sementara Joe tinggal di rumah sedang belajar untuk ujiannya, Digidestined dan Digimon mereka pergi ke pemandian air panas, dimana mereka bertemu dengan Nishijima dan Himekawa. Selama di pemandian air panas, gadis gadis mempunyai sedikit masalah ketika Biyomon dan Meicoomon berpisah dengan mereka dan berakhir di pemandian laki laki. Di beberapa kejadian, Himekawa dan Nishijima menguji senjata khusus terhadap Ogremon terinfeksi yang muncul, yang di bawa kembali ke dunia digital oleh Leomon. Kemudian, Mimi mempersiapkan sebagai seorang pemandu gadis cafe untuk kelasnya di festival mendatang, dia mencoba untuk melawan Ogremon terinfeksi yang muncul dengan harapan untuk meningkatkan reputasi Digimon, tapi beberapa serangan togemon mengenai helikopter berita yang dekat dengan pertarungan itu sehingga terjadi kecelakaan, menghasilkan efek sebaliknya dari reputasi digimon. Sementara Leomon datang pada DigiDestined, dia menjelaskan apa yang terjadi pada Ogremon ketika menjadi terinfeksi, Mimi selanjutnya di marahi oleh teman teman sekelasnya tentang ide ide yang tampak egoisnya. Mimi menyesal betapa egois dirinya, Dia mendengar perasaan joe yang telah menghindar pertarungan dengan digimon untuk mencoba dan berusaha menjadi dewasa, dan meratapi betapa pengecut dirinya.
Gomamon memutuskan untuk lari dari rumah, Koshiro mendapat pesan dalam kode digital (Digi Code). Pada hari festival sekolah, Meiko menunjukkan dukungannya pada mimi dengan memakai pakaian pemandu gadis cafe, sedangkan para digimon menyelinap ke festival untuk mencoba dan memenangkan kontes kostum untuk makanan gratis. Setelah itu, Gomamon mengatakan pada joe bahwa dia melarikan diri karena dia tidak merasa ingin berjuang bersama sama lagi, Joe terkemuka marah karena harus melawan dan menjawab pernyataan itu. Saat itu, Meicoomon di tangkap oleh Ken Ichijouji, yang ternyata sekali lagi menjadi kaisar digimon. Palmon dan Gomamon, bersama dengan Leomon yang sebagian terinfeksi, mengejar mereka ke dalam distorsi digital, dan melawan Imperialdramon yang terinfeksi, Hikari mendesak joe untuk berjuang di sisi partnernya. Mengatasi kekhawatirannya sendiri demi partnernya, Joe berhasil Digivolve Gomamon ke bentuk tingkat mega nya, Vikemon, sementara Mimi juga berhasil Digivolve Palmon ke bentuk tingkat Mega nya, Rosemon. Meskipun Digimon berhasil mengalahkan Imperialdramon dan kembali dengan selamat, Meicoomon tiba tiba menjadi seperti musuh, membunuh Leomon dan melarikan diri ke Dunia Digital.
