Darius Khondji lahir di Tehran, Iran. Dia berasal dari keluarga campuran antara Iran dari ayahnya dan Prancis dari ibunya. Saat Darius masih muda, orang tuanya berpindah ke Prancis. Ketertarikannya dalam dunia perfilman dimulai pada usia sepuluh tahun dan menggarap Super-8. Kemudian, dia pindah ke Amerika Serikat untuk menempuh pendidikan di UCLA dan mengambil mata kuliah mayor bidang film di New York University dan International Center for Photography. Selama periode waktu tersebut, ada dua gurunya yang sangat berpengaruh terhadap karya-karyanya kemudian hari, yaitu Jonas Mekas dan Haig Manoogian (juga merupakan guru film Martin Scorsese).[3]
