Berikut ini adalah daftar museum di Jawa menurut provinsi

Jakarta

• Gedung Arsip Nasional
• Gedung Joang '45
• Gedung Mohammad Hoesni Thamrin
• Monumen Nasional
• Museum Bank Indonesia
• Museum Bank Mandiri
• Museum Fatahillah
• Museum Indonesia
• Museum Nasional Indonesia
• Museum Purna Bhakti Pertiwi
• Museum Sasmita Loka Ahmad Yani
• Museum Sasmitaloka Jenderal Besar DR. A.H. Nasution
• Museum Satria Mandala
• Museum Seni Rupa dan Keramik
• Museum Sumpah Pemuda
• Museum Taman Prasasti
• Museum Tekstil
• Museum Wayang
• Museum Kebangkitan Nasional
• Museum Sumpah Pemuda
• Museum Perumusan Naskah Proklamasi
• Museum Basoeki Abdullah
• Museum Wayang
• Museum Tekstil
• Museum Joang' 45
• Museum Bahari
• Museum Waspada Purbawisesa
• Museum Pancasila Sakti
• Museum Pusaka/Tosan Aji
• Museum Komodo
• Museum Penerangan
• Museum Telekomunikasi
• Museum Olahraga Nasional
• Museum Transportasi
• Museum Graha Widya Patra (Minyak dan Gas Bumi)
• Museum Perangko
• Museum Serangga
• Museum Asmat
• Museum Katedral
• Museum Burung
• Museum Pusat Peragaan IPTEK
• Museum Bait Al-Qur'an ( Istiqlal)
• Museum Padepokan Pencak Silat
• Museum Aquarium Air Tawar
• Museum Indonesia
• Museum Al-Qur'an
• Museum Manggala Wanabhakti
• Museum Listrik dan Energi Baru
• Museum Lukisan S. Sudjojono
• Museum Galeri Foto Jurnalistik Antara
• Museum Korp. Marinir (TNI-AL)
• Museum Bank Tabungan Negara
• Museum Pelita Harapan
• Museum Layang-layang
• Museum POLRI
• Museum di Tengah Kebun
• Museum Artha Suaka
• Museum Adam Malik
• Museum Reksa Artha
• Museum MPR / DPR – RI
• Museum Hakka Indonesia, TMII
• Museum Sejarah MK
• Museum Art Mon Decor
• Museum Galeri Melaka
• Museum Batik Nasional, TMII
• Museum Seni Galeri Nasional Indonesia
• Museum Pers Antara
• Museum Anatomy FK. UI
• Museum Tionghoa Indonesia, TMII
• Museum Yodding Hakka Indonesia, TMII
• Museum Batik Nasional, TMII

Banten

• Museum Negeri Banten
• Museum Multatuli Lebak
• Museum Purbakala Banten Lama

Jawa Barat

• Museum Talaga Manggung
• Gedung Merdeka
• Museum Geologi Bandung
• Museum Konferensi Asia Afrika
• Museum Sri Baduga
• Museum Wangsit Mandala Siliwangi

• Museum Prabu Geusan Ulun
• Museum Perjuangan Bogor
• Museum Keraton Kasepuhan
• Museum Virajati Seskoad
• Museum Pos Indonesia
• Museum Kalijati
• Museum Zoologi Bogor
• Museum Tanah
• Museum Etnobotani Indonesia
• Museum Palagan Perjuangan 1945 Bojong Kokosan
• Museum Barli
• Museum Popo Iskandar
• Monumen & Museum Peta
• Museum Linggarjati
• Museum Joang' 45
• Museum Situs Cipari
• Museum Pangeran Cakrabuana
• Museum Site Kepurbakalaan
• Museum Gedung Pusaka Keraton Kanoman
• Museum Site Museum Batujaya
• Museum Daerah Kabupaten Subang
• Museum Tambaksari
• Museum Perjuangan Rakyat Jawa Barat
• Museum Daerah Kab. Cirebon
• Museum Nyamuk
• Museum Alit Leluhur Sukapura Kabupaten Tasikmalaya
• Museum Amerta Dirgantara Mandala Lanud Suryadarma
• Museum Kepresidenan "Balai Kirti"
• Museum Istana Kepresidenan Yogyakarta atau Gedung Agung
• Museum Sejarah Etnis Tionghoa
• Museum Puspa Iptek
• Herbarium Bogoriensi Museum
• Museum Mobil & Keramik Sentul
• Museum Sejarah Sunda Prabu Siliwangi

Jawa Tengah

• Museum Dieng Kailasa
• Museum Fosil Sangiran
• Museum Kartini
• Museum Kereta Api Ambarawa
• Museum Kretek
• Museum Masjid Agung Demak
• Museum Wayang Sendang Mas
• Museum Samudra Raksa

Surakarta

• Museum Keraton Surakarta, MUSEUM SUAKA BUDAYA
• Museum Radya Pustaka
• Museum Lukis Dullah
• House of Danar Hadi (Museum Galeri Batik Kuno Danarhadi)
• Museum Pers Nasional, Jl. Gajah Mada No.59
• Museum Pura Mangkunegaran

Lain-lain

• Museum Jawa Tengah Ranggawarsita
• Museum Rekor Dunia Indonesia
• Museum Grobogan
• Museum Mandala Bhakti
• Museum Isdiman (Palagan Ambarawa)
• Museum Gula
• Museum Bumi Putera 1912
• Museum Sudirman
• Museum Tosan Aji
• Museum Batik Kota Pekalongan
• Museum Sekolah
• Museum Bank Rakyat Indonesia
• Museum POLRI69
• Museum Jamu Nyonya Meneer
• Museum Jamu Jago
• Museum Kamar Pengabdian Pangeran Diponegoro
• Museum B P K
• Museum Maha Karmawibhangga
• Museum Pertanian
• Museum Kasunanan / Museum Suaka Budaya Kasunanan Surakarta
• Museum Soesilo Soedarman
• Museum Prof. Dr. R. Soegarda Poerbakawatja
• Museum Misi Muntilan Pusat Animasi Misioner (MMMPAM)
• Dieng Plateu Museum
• Museum Haji Widayat
• Museum Abirowo
• Museum Ki Diso
• Museum Uang Purbalingga
• Museum Wayang dan Artefak
• Museum Kailasa
• Museum Perkembangan Islam Jawa Tengah
• Museum Paviliun 5 Akademi Militer
• Museum Penyiaran RRI
• Museum Kars Indonesia
• Museum Jamu Hortus Medicus
• Museum Naladipa

Yogyakarta

• Monumen Yogya Kembali
• Museum Batik Yogyakarta
• Museum Biologi
• Museum Dapur Tradisional (Sleman)
• Museum Dewantara Kirti Griya
• Museum Keraton
• Museum Monumen Yogya Kembali
• Museum Perjuangan Yogyakarta
• Museum Pusat TNI AD "Dharma Wiratama"
• Museum Pusat TNI AU "Dirgantara Mandala"
• Museum Seni Lukis Kontemporer Nyoman Gunarsa
• Museum Sonobudoyo
• Museum Tembi
• Museum Ullen Sentalu
• Museum Wayang Kekayon
• Museum Condrokiranan
• Museum Perjuangan
• Museum Biologi UGM
• Museum Benteng Yogyakarta
• Museum Puro Pakualaman
• Museum Geoteknologi Mineral UPN
• Museum Gembira Loka
• Museum Pahlawan Pancasila
• Museum Affandi
• Museum Pangeran Diponegoro
• Museum Kayu Wanagama
• Museum RS. Mata "DR. YAP"
• Monumen Museum Pergerakan Wanita Indonesia (Kowani)
• Museum Sasmita Loka Pangsar Sudirman
• Museum Bahari Yogyakarta
• Museum Sandi
• Museum Hamengkubuwono IX
• Museum Kereta Kencana
• Museum Lukisan
• De'mata Trick Eye Museum
• Museum Memorial Jenderal Besar H.M Soeharto
• Museum Gunungapi Merapi
• Museum Sisa Hartaku (Sleman)
• Museum Erupsi Gunung Merapi
• Museum Candi Prambanan
• Museum Anak Kolong Tangga
• Museum Situs Majapahit UGM

Jawa Timur

• Museum Musik Indonesia
• Museum Negeri Mpu Tantular
• Museum Satwa
• Museum Trowulan
• Monumen Kapal Selam
• Museum Daerah Kambang Putih
• Museum Airlangga
• Museum Balai Penyelamat Tulung Agung
• Museum Sumenep
• Museum Pusat Informasi Majapahit Trowulan
• Museum Brawijaya Malang
• Museum Sunan Drajat
• Museum Trinil
• Museum Arca
• Museum TNI-AL, "Loka Jala Crana"
• Museum Sepuluh Nopember
• Museum Kesehatan dr. Adhyatma, MPH
• Museum Rajek Wesi (Pagor)
• Museum Ki Ageng Bonokeling
• Museum Anjuk Ladang
• Museum Penataran
• Balai Penyelamat Benda Purbakala "Mpu Purwa"
• Museum House Of Sampoerna
• Museum Sunan Giri
• Museum Blambangan
• Rumah Bersejarah Markas Gerilya Panglima Besar Jenderal Sudirman
• Museum Cakraningrat
• Museum Dapoer Roekijah Djawa
• Museum Pamekasan
• Museum Jawa Timur Park 2
• Museum Armada
• Museum Angkut Batu
• Museum HAM Omah Munir
• Museum Dirgantara A. Sulaksono
• Museum Probolinggo
• Museum Kesehatan FK Universitas Airlangga
• Museum Situs Trinil
• Museum Situs Semedo
• Museum Manusia Purba Klaster Ngebung
• Museum Manusia Purba Klaster Bukuran
• Museum Manusia Purba Manyarejo
• Museum Situs Dayu
• Museum Nahdatul Ulama
• Museum Rumah Wafat W.R. Supratman
• Museum OHD
• Museum P4
• Museum Gebang Blitar
• Museum Anatomi Tubuh (Kawasan Jawa Timur)
• Museum Semen Indonesia
• Museum Islam Nusantara
• Museum Tubuh The Bagong Adventure
• Museum Singashari
• Museum Surabaya
• Museum Musik Indonesia
• Museum Boemi Poeger - Kec. Kencong Kab. Jember