Pada awalnya, Cilendek Timur merupakan salah satu desa dari Kecamatan Semplak (sekarang Kecamatan Kemang). Kemudian pada tahun 1995, Kotamadya Bogor mengalami pemekaran wilayah berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) No. 2 Tahun 1995 yang menyebabkan perubahan batas-batas wilayah antara Kabupaten dan Kotamadya. Cilendek Timur merupakan salah satu desa yang masuk pada Wilayah Perluasan Kota Bogor.
Nama Cilendek ini sebenarnya adalah singkatan dari beberapa kata yang artinya sebagai berikut:
Ci: Artinya sungai atau air dalam bahasa Sunda karena Kelurahan Cilendek Timur dialiri oleh beberapa sungai, seperti sungai Cisadane, Cibanen, Cidepit, Ciangke, dan Cileho.
Len: Artinya dari bahasa Belanda, len (yang berarti jalan), karena pada zaman dahulu, selain adanya Jalan Raya Bogor Jakarta (Cibinong), terdapat juga Jalan Raya Parung yang melintasi wilayah Cilendek yang juga merupakan jalan protokol untuk menuju Ibu Kota Jakarta.
Dek: Merupakan singkatan dari kata pendekar, karena pada saat itu, Cilendek sebagai wilayah yang merupakan salah satu pintu gerbang antara Bogor dan Jakarta.
