Masalah utama yang terjadi di dalam Cagar Alam Bukit Tangkiling adalah kerusakan hutan. Penyebabnya adalah berbagai macam kegiatan manusia. Di dalam cagar alam ini sering terjadi kegiatan eksploitasisumber daya alam. Salah satu di antaranya adalah penambanganbatu secara ilegal. Kerusakan hutan dipercepat oleh pengadaan pembangunan akses jalan. Jarak 1 kilometer dari bahu jalan telah mengalami kerusakan akibat penambangan.[2]