Fußball-Bundesliga 2006–07 dimulai pada 11 Agustus2006 dengan pertandingan antara FC Bayern München dan Borussia Dortmund. Sebanyak 36 klub bertanding dalam kompetisi penuh: setiap pertandingan antara dua klub dilakukan dua kali, satu di rumah dan satu bertandang. Bundesliga tingkat nasional (federal) dilakukan dalam dua kelompok: 1. Bundesliga (Erste Bundesliga, Liga Utama) dan 2. Bundesliga (Zweite Bundesliga, Liga Kedua). Dalam masing-masing kelompok saling bertarung 18 klub. Namun, penyebutan "Bundesliga" biasanya mengacu pada 1. Bundesliga.
Tiga posisi teratas 2. Bundesliga diraih oleh Karlsruher SC (70), Hansa Rostock (62), dan MSV Duisburg (60). Ketiganya masuk dalam 1.Bundesliga untuk musim berikut (Bundesliga 2007/2008), menggantikan tiga klub dari 1. Bundesliga. Giovanni Federico dari Karlsruher SC menjadi pencetak gol terbanyak (19 gol).
Di Indonesia, Bundesliga 2006-07 disiarkan langsung oleh SCTV.